صطفی از 14 سالکی وارد بسیج شد و از 17 سالگی پا به سنگر جبهه های جنوب و غرب کشور گذاشت . سید تمام هستی و زندگیش را وقف جنگ کرد . آنقدر در جبهه ماند که دوستانش به او پیر جبهه می گفتند . مقداری از حقوقش را به حساب جنگ می ریخت و بعد از شهادت معلوم شد که سر پرستی چند خانواده بی بضاعت را نیز بر عهده داشته است .

او معتقد بود : « جبهه به ما نیازی ندارد این ما هستیم که به جبهه نیاز داریم » . بر مبنای این اعتقاد تکامل خود را در جبهه می دید .مسیر مسؤولیت های سید مصطفی از تک تیر اندازی در لشکر 14 امام حسین شروع شد .

شهید واجدی به سرعت در جبهه رشد کرد و وارد واحد اطلاعات عملیات شد و به عنوان سر تیم شناسایی تا اعماق مواضع دشمن نفوذ می کرد . پس از آن به سمت معاون واحد و بعد مسؤول واحد اطلاعات عملیات تیپ 44 قمر بنی هاشم منصوب شد و با جان و تمام وجود خدمت کرد.

عملیات هایی که سید مصطفی واجدی در آنها شرکت داشت عبارت است از : طریق القدس ، فتح المبین ، بیت المقدس ، رمضان ، والفجر یک و چهار ، خیبر ، بدر و عملیات های محدود و کوچک دیگر .

در عملیات والفجر هشت این عارف شب و شیر روز پس از آنکه بارها و بارها مجروح شده ، از اینکه به فیض شهادت نائل نیامده ناراحت بود در تاریخ 27/11/64 در بهترین حالات یعنی در حال نماز بر اثر اصابت ترکش به تمامی بدنش رستگار شد و نزد جدش رسول الله شتافت .در این عملیات او فرمانده گردان بود .